Bên cạnh sự nổi tiếng, Baby Shark cũng nhận được nhiều lời chỉ trích từ một số người. Trong khi phiên bản gốc chỉ liệt kê các thành viên của gia đình cá mập, phiên bản của Pinkfong còn nói lên cả tính cách của những nhân vật trong bài, ví dụ như cá mập mẹ thì "xinh đẹp", cá mập bố thì "mạnh mẽ", cá mập bà thì "dịu dàng", cá mập ông thì "ngầu". Vào tháng 1 năm 2018, tờ báo Hàn Quốc Kyunghyang Shinmun đã xuất bản một bài báo lên án Baby Shark có nội dung phân biệt giới tính. Tháng 5 năm 2018, Đảng Hàn Quốc Tự do sử dụng "Baby Shark" để quảng bá ứng cử viên của mình, khiến SmartStudy đe doạ hành động pháp lý về vi phạm bản quyền[4][25].

Vào tháng 10 năm 2020, ba cán bộ trại giam ở Oklahoma bị khởi tố tội Ngược đãi phạm nhân do có hành động ép 5 phạm nhân nghe bài Baby Shark với âm lượng rất lớn trong thời gian dài.[26]